정기 승차권이 횟수 제한없이 이용가능하고 왕복도 가능하다는건 알고 있습니다.제가 이용하고 싶은 구간이 서울-청량리-상봉-만종구간인데 주로 출근시 상봉-만종을 타고 집에 올때는 만종-청량리 구간이라면 정기권을 청량리-만종으로 끊으면 될까요?? 중간역에서 탑승 가능하고 하차도 가능하다고 해서요 
알고 계신 것이 맞습니다.
여객열차 정기권은 중도 승하차가 가능하므로 질문자님께서는 KTX 청량리-만종 구간 정기권을 구입하시면 됩니다.
다만 무제한으로 탈 수 있는 것은 아니고 일 2회, 즉 왕복 1회에 한해 탑승할 수 있습니다.